La saison se concentre sur l'arrivée de personnes provenant du cargo Kahana, venu jusqu'à l'île dans le but apparent de secourir les rescapés. Toutefois, il semblerait que cette équipe de sauvetage cache de lourds secrets et mente au sujet de leurs motivations, auxquelles Ben, le leader machiavélique des « Autres », ne semble pas étranger. Jack tente par tous les moyens de mener un groupe pour quitter l'île. Beaucoup vont y laisser la vie pour que les « Six du vol Oceanic » (Oceanic 6) puisse regagner le continent. Ben tourne la roue qui va conduire l'île à disparaître dans le temps.
Avec l'arrivée imminente des secours, les naufragés reprennent espoir. De retour sur la plage, Desmond transmet le message que Charlie lui a livré avant de mourir. Naomi leur a menti ! Les gens sur le bateau ne sont pas ce qu'ils prétendent être. La petite bande se dépêche de retrouver les autres pour les prévenir que le bateau est peut-être un piège...
Leur hélicoptère ayant des ratés, trois individus armés et leur pilote sont parachutés à divers endroits sur l'île ! Jack et Kate trouvent l'un d'eux, un certain Daniel Faraday, dont les intentions semblent assez douteuses. Ces gens sont-ils réellement venus les secourir ? Pendant ce temps, l'autre groupe des survivants suit Locke vers le sud. Ceux-ci font une rencontre inattendue...
Sayid passe un accord avec les nouveaux venus. Il promet de ramener Charlotte saine et sauve si le pilote accepte de l'emmener sur le bateau. Mais Locke, qui retient la jeune femme en otage, se laissera-t-il convaincre ?
A la plage, Jack et les autres sont inquiets de ne pas avoir de nouvelles du bateau. Aux baraquements, Kate tient absolument à parler à Miles, que Locke retient captif...
Jack ne comprend pas que l'hélicoptère ne soit toujours pas arrivé sur le bateau alors qu'il est parti la veille. A bord de l'engin, Desmond et Sayid sont pris dans des turbulences. La traversée a des effets inattendus sur Desmond. Celui-ci réagit étrangement...
Faraday et Charlotte ont quitté le campement en pleine nuit. Jack décide de partir à leur recherche. Juliet reçoit la visite inattendue d'une vieille connaissance qui l'informe des intentions des deux étrangers... Toujours retenu captif, Ben propose un marché à Locke...
En attendant de rencontrer le capitaine du bateau, Desmond et Sayid sont tenus à l'écart... Jin, ne faisant pas confiance aux nouveaux venus, décide de rejoindre le groupe de Locke. Juliet, inquiète de son état de santé, tente de s'y interposer...
La confusion règne au sein du groupe de Locke. Ce dernier révèle à ses comparses que le mystérieux contact de Ben sur le bateau est Michael. Et qu'ils ne peuvent pas faire confiance aux gens du bateau car ils ont pour mission de tuer les personnes qui sont sur l'île. Mais Ben est-il réellement digne de confiance ?... Sur le bateau, Sayid réclame des réponses à Michael...
Un dispositif de sécurité alerte Ben, Locke et les autres de l'arrivée imminente d'intrus. Ils doivent se préparer à une attaque... Sur la plage, la mer ramène un corps ! Daniel et Charlotte reconnaissent le médecin du bateau...
Jack est mal en point, et Juliet doit intervenir. Elle va avoir besoin de matériel pour lui venir en aide... Dans la jungle, Sawyer, Miles, Claire et Aaron se dirigent vers la plage. Avec le danger qui rôde en permanence, parviendront-il à atteindre leur destination sans encombre ?
Dans la jungle avec Ben et Hurley, Locke compte sur eux pour trouver la cabane dans l'espoir d'obtenir des réponses de Jacob... De retour sur le bateau, Keamy, furieux, veut savoir qui a fourni des informations le concernant à Benjamin Linus...
En survolant la plage, l'hélicoptère laisse tomber un sac dans lequel se trouve un téléphone qui leur permet de suivre le déplacement de l'engin. Accompagné de Kate, Jack décide de partir à leur rencontre. En chemin, ils tombent sur Sawyer, Miles et le petit Aaron... De l'autre côté de l'île, Locke entraîne Ben et Hurley à l'Orchidée pour suivre les instructions qui lui ont été données pour sauver l'île. Keamy et ses hommes sont de retour, et ils n'ont pas l'intention de faire de cadeaux...
(Partie 1) Desmond, Michael et Jin cherchent un moyen de désactiver la bombe qui se trouve sur le bateau. Pendant ce temps, Daniel continue de faire des allers-retours pour emmener un maximum de personnes sur le bateau. Pendant ce temps, Ben se rend à Keamy en comptant sur Locke pour rejoindre la station Orchidée... (Partie 2) En blessant grièvement Keamy, Ben déclenche le dispositif qui arme la bombe à bord du bateau. L'hélicoptère, transportant Jack, Kate et les autres, vient tout juste de s'y poser et Michael n'a pratiquement plus de gaz d'azote pour geler la batterie alimentant la bombe. Le bateau explose quelques minutes plus tard et l'île disparaît...
